晋江市医院始建于1936年，是一所集医、教、研、防为一体的三级综合性医院，承担着全市医疗保健、院前急救、传染病防治及突发公共卫生事件救治等任务。晋江市120急救中心挂靠在医院。现为泉州医学高等专科学校非行政隶属附属医院，福建医科大学、华侨大学生物医学学院、福建中医药大学、漳州卫生职业学院等医学院校的教学医院，复旦大学附属儿科医院、中山大学附属第一医院、福建省肿瘤医院等上级医院的协作医院。2005年，在龙湖卫生院的基础上设立晋南分院，为晋南区域的核心医院。2016年英墩华侨医院成为市医院非行政隶属分院。
2013年，晋江市政府与福建医科大学附属第二医院签约共建晋江市医院；2016年，市政府与杭州树兰医疗集团签约全面深度合作建设市医院及市医院晋南分院。
市医院（本部）占地面积约50亩；现有职工近千人，其中卫计人员近900人，高级职称近90人，中级职称约350人；医学博士4人；硕士以上医师占医师总数约25%；开放床位680张，其中综合ICU床位16张、NICU16张、PICU4张；现有职能科室15个、临床专业31个和医技科室16个，其中泉州市临床重点学科2个，晋江市重点学科5个。晋南分院占地150亩，开放床位305张；职工约450人，技术人员380人，高级20余人。拥有西门子1.5T超导磁共振、GE公司16排螺旋CT机、进口数字乳腺机、罗氏发光免疫分析仪、德国徕卡手术显微镜、麻醉工作站等国内外先进诊疗仪器，其中十万元以上医疗设备100多套（台）；在本市率先开展脑干肿瘤切除术、脑血管病术中血管荧光造影术、“巨大肝癌切除+下腔静脉切除+人工血管移植”、“全腹腔镜下远端胃切除+毕Ⅱ式吻合+空肠Braun吻合术”、关节置换术、白内障超声乳化术，内镜下粘膜剥离术治疗消化道早癌及癌前病变，肝穿肾穿活检、CRRT、开展极低体重早产儿诊治等高难度的诊疗技术。医疗质量和诊疗技术在本县市卫生医疗单位发挥了龙头带动作用，首推手机APP诊疗服务平台、便捷入院流程、医保门诊自助结算、先诊疗后付费、志愿者服务等便民利民服务措施。医院先后荣获全国社区康复先进单位、全国中医药示范单位、泉州市级“文明单位”、泉州市抗击“非典”先进单位、泉州市卫生系统行风建设工作先进单位、泉州市计划免疫先进集体、泉州市院务公开示范单位等称号。今年来荣获福建省科学技术奖3项，泉州科技进步奖1项，12篇学术论文被收录SCI，13项发明创造获得国家专利授权。